Το χωριό Βλάτος δημιουργήθηκε τον 15ο μ.Χ. αιώνα. Δεν υπάρχει καμιά αναφορά που να βεβαιώνει, ότι κατά την πρώτη Βυζαντινή περίοδο (3ος-9ος μ.Χ. αι.) ή κατά την δεύτερη (9ος-13ος μ.Χ. αι.) υπήρχε στην περιοχή οικισμός με το όνομα Βλάτος. Το ίδιο ισχύει και για την περίοδο της Αραβοκρατίας (824-961 μ.Χ.)
Το 1252, έρχεται μέγας αριθμός ενετών και εγκαθίστανται σε εδάφη της Δυτικής Κρήτης. Η εγκατάσταση Ενετών στην Δυτ. Κίσαμο αρχίζει από το 1252 στις μεγάλες πόλεις, ενώ ο εποικισμός της υπαίθρου άρχισε πολύ μεταγενέστερα, στις αρχές του 14ου αιώνα, πιθανότατα δε μετά το σεισμό της 8ης Αυγούστου του 1303, και με κάποια επιφύλαξη θα λέγαμε γύρω στο 1336 (σύμφωνα με πηγές του Gerola).
Γνωστά τιμάρια της Δ. Κισάμου είναι της οικογένειας Trivisano στην περιοχή Δραπανιά και επίσης, των οικογενειών Michelli Minotto στην περιοχή των Τοπολίων μέχρι το Λούχι και Nicholo Minotto στην περιοχή του Κεφαλιού.
Από τις ενετικές οικογένειες που λίγο πριν αναφέραμε αυτή που συνδέεται με την ίδρυση του Βλάτους είναι εκείνη του Michelli Minotto.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το ιστορικό της κτίσεως του Ναού της Αγ. Τριάδος στο Βλάτος στα «Αρχοντικά», χώρος κατοικίας του Ενετού τοπάρχη. Ο συγκεκριμένος Ναός συνδέεται με την εγκατάσταση στο Βλάτος του ενετού Πατρικίου Μ.Minotto το 1472, ο οποίος και οικοδόμησε μικρό ναΐσκο αφιερωμένο στον Άγιο Γεώργιο και στην Κυρία των Αγγέλων, για να εξυπηρετούνται οι θρησκευτικές ανάγκες της οικογενείας του.
Με την αποχώρηση των Ενετών από την περιοχή και την εγκατάσταση των Τούρκων, ο Ναός μετονομάζεται σε Ναό αφιερωμένο στην Αγία Τριάδα, γίνεται ο κεντρικός Ναός του χωριού με πρώτο εφημέριο τον παπα-Μιχελή Minotto, απόγονο της ενετικής οικογένειας, ο οποίος παρέμεινε ως ιερέας στην περιοχή διατηρώντας και αρκετό μέρος της περιουσίας της.
Πιο συγκεκριμένα στην απογραφή του Φραντζέσκο Βασιλικάτα το 1577 αναφέρεται λεπτομερώς η Μηλιά όπως και τα διπλανά χωριά Καρυδάκι και Κεραμάρι. Πρώτη φορά αναφέρεται ρητώς το ΒΛΑΤΟΣ το 1583 στην απογραφή του Καστροφύλακα με 52 κατοίκους…
Μετέπειτα στην Απογραφή του Τριβιάν το 1645 αναφέρονται τα χωριά Βλάτος ή Βουκοπερασματα, Καρυδάκι, Μηλιές κλπ Είναι και η περίοδος που το χωριό μας παίρνει την μορφή ενός οργανωμένου χωρίου, με την εγκατάσταση οικογενειών τους οποίους έφερε η οικογένεια Μinotto, προκειμένου να συντονίσουν τις εκτεταμένες ελαιοκαλλιέργειες του χωριού.
Χαρακτηριστική τοποθεσία με ενετική -καθαρά- σημασία είναι στου ΣΠΕΤΣΙΑΚΟΥΡΟΥ, σύνθετη από το Βενετσιάνικο «σπέτσιο» που σημαίνει παρατηρώ, προσέχω και «κούρα» που σημαίνει παρατηρώ ,φροντίζω. Το εν λόγω σημείο αποτελεί παρατηρητήριο στην στρατηγική αυτή τοποθεσία Β.Δ του Βλάτους.
Επίσης μαρτυρείται η τοποθεσία με την ονομασία ΜΠΟΥΜΠΟΥΡΟΥ ή ΜΠΟΥΜΠΟΥΛΟΥ, βορείως της συνοικίας Κουτσουνάρα, προερχόμενη από το βενετσιάνικο «μπούμπουλος» που σημαίνει βοδινός και μπουμπουλκός που σημαίνει βοϊδοβοσκός. Η σημερινή ονομασία που έχει επικρατήσει, αποτελεί παράφραση “Μπουμπούρου”.
Κατά πάσα πιθανότητα αυτήν την περίοδο γύρω στα 1650 μ.Χ ξεκίνησε ο συστηματικός οικισμός της περιοχής με την συστηματική καλλιέργεια της τσουνάτης ελιάς ενώ από τότε αρχίζουν να εμφανίζονται τα λιοτρίβια απαραίτητα για την έκθλιψη της ελιάς που τόσο συστηματικά , φρόντισαν να καλλιεργούν οι Ενετοί.
Το κοντινότερο ελαιουργείο της γειτονιάς των «Αρχοντικών» τόπος κατοικίας του Ενετού τοπάρχη είναι αυτό των Μοθιανών και της σημερινής οικίας Φραγκιουδάκη. Ο Φραγκιός, είναι απόγονος Φράγκων προγόνων, κατά πάσα πιθανότητα, με μεγάλη περιουσία καλλιέργειας ελιάς.
Το ομώνυμο λιοτρίβι του Μοθιανών ίσως είναι το πρώτο και παλαιότερο του Βλάτους και συγκεκριμένα εκείνης της περιόδου περί τα 1650 μ.Χ. περιλαμβάνει πετρόχτιστες, τοξωτές καμάρες και αρχιτεκτονικές επιρροές από την περίοδο της Ενετοκρατίας . Η έπαυλη-οικία και το ελαιοτριβείο αποτελούν μία ενιαία κατασκευή δύο ορόφων, με ιδιαίτερα σημαντικά αρχιτεκτονικά στοιχεία..
Την περίοδο ακριβώς αυτή φαίνεται να διαμορφώνονται τα γνωστά Βλαθιανά επώνυμα από τις οικογένειες που χρήστηκαν ως ακτήμονες από τον Ενετό τοπάρχη διαμορφώνοντας ονόματα οικογενειών και τις ομώνυμες γειτονιές.
Πάντως, παλαιές οικογένειες του Βλάτους που έχουν επίθετα από την πρώιμη εποχή αυτή, είναι οι Ντεγιανοί, οι Ντερούκοι, οι Τσουρούνηδες, οι Μπερτίοι, οι Βαρουξήδες, οι Μότηδες, οι Μετζίδηδες και έξω από το χωριό (Ρογδιά) Λιμπέρηδες κ.α. Επώνυμα που έχουν στις ρίζες τους έντονο το ενετικό στοιχείο και την ενετική καταβολή είναι τα Ντε-Γιάννος, Ντε-Ρούκος, Μότος, Μπέρτιος, Μέτζος κ.α
Τέλος αξίζει να αναλογιστούμε σύμφωνα με τα παραπάνω, ότι από γενιές 25 περίπου προγόνων μας, έφτασαν αναλλοίωτα έως σήμερα τα μνημεία –λιοτρίβια αυτά, γεγονός που μας υποχρεώνει να σεβαστούμε τον χώρο και να είμαστε πολύ προσεκτικοί σε όποιου είδους επεμβάσεις ή αναπαλαιώσεις παραδίδοντάς τα, αλώβητα, στις επόμενες γενεές, στον επόμενο κρίκο της αλυσίδας της ζωής!